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2024诺奖加持,从“微小”到“伟大”的miRNA何以站上科学世界C位 | 媒体聚焦

发布时间: 2024-12-27 浏览:

2024年,维克多·安布罗斯和加里·鲁夫昆因发现microRNA及其在基因表达调控中的作用而获得诺贝尔奖,这是里程碑式的事件,堪称现代生物学的又一重大发现。这一发现开辟了新的研究领域,对疾病诊断工具和药物开发具有重要意义。这一新闻极大地推进了我们对基因调控网络的理解,并且将对生物医学研究产生更深远的影响。

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诺贝尔生理学或医学奖所取得的成就深刻影响着人类的生命健康,它不仅是科学界的一项至高荣誉,也是历年来最受大众关注的奖项。这一奖项不仅是对两位科学家杰出贡献的认可,也再次凸显了RNA研究在生命科学领域的核心地位。该消息不仅让整个生物医药圈沸腾,同时也将miRNA的研究推向了新的高度。中国科学技术协会科普中国邀请复旦大学生物医学研究院于文强教授为我们精彩解读2024诺奖:微小RNA如何调控细胞的命运?(点击下方视频观看↓)
表观遗传学
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一年一度的诺贝尔奖时刻开启。“他们的发现让我们对基因调控有了全新的认识。”北京时间10月7日17时30分,2024年诺贝尔生理学或医学奖在瑞典卡罗林斯卡医学院揭晓,授予维克多·安布罗斯(Victor Ambros)和加里·鲁弗肯(Gary Ruvkun),以表彰他们在microRNA发现及其在转录后基因调控中作用研究方面的贡献(for the discovery of microRNA and its role in post-transcriptional gene regulation他们将共享1100万瑞典克朗奖金(约合745万元人民币)。这是诺贝尔生理学或医学奖自1901年起第115次颁发。

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▲Victor Ambros教授,1979年从美国麻省理工学院获得博士学位,1979-1985年在麻省理工学院做博士后。目前是美国麻省大学医学院的自然科学教授。他因在哈佛大学进行了这项研究并因此获得诺贝尔医学奖。Gary Ruvkun,1982年从美国哈佛大学获得博士学位,他于1985年成为麻省总医院和哈佛医学院的PI,目前是遗传学教授。
“microRNA的发现已经在诺贝尔奖提名中出现了多次,这次能获奖,我们感到既是在意料之中,也可以说是意料之外。”当晚,同样从事miRNA相关研究的复旦大学生物医学研究院研究员,复旦大学生物医学研究院基因组学与表观基因组研究所常务副所长于文强教授在接受澎湃新闻记者采访时表示
“在今年获奖之前,他们其实已经被提名很多次了,获奖可谓实至名归。于文强教授接受文汇报记者采访时颇为感慨,他认为miRNA研究的上半场已经结束,借着诺奖的东风需要开启miRNA研究的下半场。
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microRNA又可以称之为miRNA或微小RNA,是一类长度约20个碱基的小RNA,它对基因调控起到至关重要的作用,如果基因调节出错,可能会导致癌症、糖尿病或自身免疫性疾病等严重疾病。

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Victor Ambrose和Gary Ruvkun发现了microRNA,这是一类新的微小RNA分子,在基因调控中起着至关重要的作用。他们在秀丽隐杆线虫中的突破性发现揭示了一种全新的基因调控原理。事实证明,这对包括人类在内的多细胞生物至关重要。MicroRNAs被证明对生物体的发育和功能至关重要。

“其实早在1993年,Victor Ambros就已经发现了miRNA,但当时并未引起很多科学家的重视。而在2006年,当年的诺贝尔生理或医学奖颁给了两位在RNAi领域作出贡献的科学家,这两个共同聚焦微小RNA领域,由于诺贝尔奖评选委员会很少会针对同一个领域重复颁奖,所以这次microRNA获奖,也可以说是意料之外。”于文强教授说,miRNA从最早发现到如今获得诺贝尔奖,历经了30多年,尽管当前这一发现真正应用在临床上的还不多,相关的药物也没有出现,但这一领域研究已经成为当下的大热门,尤其是microRNA在生长发育、肿瘤发生和发展等方面的研究,未来这方面的机制研究还有待进一步探索。


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于文强教授指出,生物体内的RNA可分为两种:一种是可编码的,即参与编码蛋白质——遗传物质DNA转录生成mRNA(mRNA,也就是信使RNA,由DNA转录而来,能进一步翻译蛋白质),信使RNA进一步翻译生成蛋白质;另一种是不能编码的,即非编码RNA。miRNA正是后面这种非编码RNA中的一种,由于它的长度很短,仅有21-23个核苷酸组成,因此被称作miRNA。有意思的是,就是这群miRNA日后逐渐站上科学世界的C位,其重要性日益被发现。
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▲microRNA 的开创性发现是出乎意料的,它揭示了基因调控的新维度。©诺贝尔生理学或医学委员会,插画 Mattias Karlén


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早在1993年,Victor Ambros就已经发现miRNA,当时他是在线虫中发现了第一个miRNA lin-4。他发现突变lin-4的成年线虫,长出幼嫩的皮肤,而突变掉lin-14的幼年线虫,则会长出皱皱的皮肤,原因竟是在线虫中lin-4可调控lin-14并抑制它的表达。Lin-14蛋白在幼年线虫中大量富集,而在成年线虫中大量减少。所以突变掉lin-4后,lin-14会增加,Lin-14蛋白的大量富集会使得成年线虫长出幼嫩的皮肤。“30多年前,安布罗斯在做实验时就发现,在线虫中突变不同的基因片段,幼年线虫的柔嫩皮肤变得又老又皱,而老年线虫的皮肤竟然变得又嫩又软。”于文强教授介绍,这提示人类从基因层面以及表观遗传角度有可能创造与时间抗衡的办法。

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▲(A)秀丽隐杆线虫是了解不同细胞类型如何发育的有用模式生物。(B) Ambros和Ruvkun研究了lin-4和lin-14突变体。Ambros已经证明lin-4似乎是lin-14的负调节因子。(C) Ambros发现lin-4基因编码一种微小的RNA (microRNA),它不编码蛋白质。Ruvkun克隆了lin-14基因,两位科学家意识到lin-4 microRNA序列与lin-14 mRNA中的互补序列相匹配。


于文强教授表示,早期,Victor Ambros以为lin-4是某种蛋白质,结果这种具有调控功能的分子竟是一种只有21个碱基的RNA分子,这让他感到非常意外,这个研究发表在了著名的Cell杂志上。这一发现开拓了科学家们对细胞内非编码RNA也就是不参与编码蛋白质的RNA生物学功能的认识,但当时这一研究具有的前瞻性,并未引起很多科学家的重视,曾经也被认为不具有普遍的调控意义,此后一段时间,miRNA的相关研究基本处于停滞状态。直到2000年,第二个miRNA let-7被发现,人们终于开始意识到miRNA对基因调控具有普遍意义。而2006年的诺贝尔生理或医学奖颁给了两位在RNAi领域作出贡献的科学家,更加肯定了miRNA的研究价值所在。
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▲鲁夫坎发现由let-7基因编码的miRNA,该基因存在于整个动物界。©诺贝尔生理学或医学委员会


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屈指一算,31年过去了。随着miRNA研究不断推进,其在个体发育与疾病发生发展过程中的重要作用不断被揭示。其实,这一发现最初于1993年发表时,绝不是人们预想的“石破天惊”,当时,这项新发现其实并未引起太多关注,甚至有点“悄无声息”。

“那时候,学界更热衷于研究更长的基因,没人相信那么短的基因还有功能,大伙在克隆相关基因时,对那么短的基因一度是扔掉的,因为认为没用。”于文强教授不由感慨,这项研究在当时其实属于“非共识研究”,难能可贵的是几位科学家的坚持,让这一研究在30多年后,成为了“共识研究”。

“这一点,是非常值得当下的我们思考的,那就是如何鼓励、推进真正的原始创新研究。真正的创新往往是非共识研究,往往从一开始就需要坐‘冷板凳’。这些科学家的本事在于能把‘冷板凳’坐热。”于文强教授说。

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▲2024年诺贝尔生理与医学奖授予了维克多·安布罗斯和加里·鲁夫昆。 ©诺贝尔生理学或医学委员会。


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为何miRNA的研究工作会得到全世界的瞩目?迄今,科学界已发现人体miRNA有近2000个,但还有很多新问题待解。学界正积极通过改变miRNA的功能、研发新的体内递送方法,寻求对疾病干预治疗的手段。在国内比较前沿的相关研究主要是肿瘤领域,中国科学家发现了许多miRNA调控肿瘤的机理。

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▲遗传信息从 DNA 到 mRNA 再到蛋白质的传递。所有细胞的 DNA 中存储着相同的遗传信息,需要对基因活性进行精确的调节,从而让正确的基因集在特定的细胞类型中一同处于激活状态。©诺贝尔生理学或医学委员会,插画 Mattias Karlén

随着miRNA研究的不断深入和深度测序技术的发展,越来越多的证据表明,miRNA不仅定位于细胞质,而且也存在于其他细胞器中,miRNA的不同细胞定位影响miRNA的功能。在肌细胞形成过程中特异表达的miR-1可以进入线粒体并在线粒体中促进特定靶基因的翻译 [1];还有研究发现神经干细胞中存在大量定位于细胞核中的miRNAs,如miR-19、miR-320、miR-339、miR-374等,但是这些核内miRNAs的调控机制并不清楚 [2]。

复旦大学于文强教授课题组前期的工作中也发现定位于细胞核中的miR-3179被证实能激活邻位基因ABCC6 和 PKD1P1,核内miR-24-1能激活靶基因FBP1FANCC的表达 [3]。基于此,于文强教授团队提出了NamiRNAs—增强子—靶基因激活理论,揭示miRNAs在细胞核中通过增强子发挥正向调控基因表达的作用;于教授团队后期的研究工作发现定位于细胞核中的miR-339可以靶向增强子激活靶基因GPER1抑制乳腺癌细胞增殖生长 [4],为肿瘤的治疗提供潜在的治疗策略和线索,同时为miRNAs的调控功能研究提供新视角。

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可见,miRNAs除了定位于细胞质中发挥负向调控作用,还可以定位其他细胞器并且可以发挥激活作用。
目前关于细胞核内miRNAs 调控功能的研究相对较少,而事实上细胞核内miRNAs可能与细胞质中负向调控的miRNAs发挥截然不同的调控功能。这也说明,未来关于miRNA的研究,miRNA定位和激活功能两方面研究值得重点关注。
于文强教授更愿意把miRNA称为“细胞命运转化的调控者”。“以肿瘤为例,从正常细胞转化为肿瘤细胞,细胞之间的身份转换过程中,miRNA的调控机制还有太多需要投入研究的地方。下半场miRNA激活将唱主角,基于NamiRNA-增强子-基因激活理论,我们认为激活基因是miRNA最主要的功能,而抑制基因只是miRNA微调。

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“当前,miRNA的研究可以说呈现出了白热化的状态,不管是什么研究方向,科研工作者纷纷挤入miRNA研究之门,目前能查阅到的文献就超过17万篇,主要研究方向聚焦在生长发育、肿瘤领域等研究。”于文强教授说,随着研究的不断深入,miRNA在肿瘤发生发展过程中的重要作用也不断被揭示出来,肿瘤细胞十大特征的维持,均有miRNA参与。

于文强教授还透露,近几年来,miRNA的研究由于其思路单一化、缺乏创新性而有慢慢变冷的趋势。“很长一段时间里,大家认为miRNA对基因调控中并没有发挥出很大的作用,仅仅是‘微调’。目前为止,人类的2588条成熟的miRNA,尤其是新近发现的miRNA,大部分功能都聚焦在miRNA的负向调控的作用机制上,对任何一个miRNA的功能研究,几乎都是千篇一律地找到对应的靶基因,并对其负向调控的作用机制进行阐述,进而与肿瘤控制与靶向治疗相关联。”

于文强教授同时表示,miRNA具有非常重要的生物学功能。譬如在生殖方面,精子有特有的miRNA,如果这个被敲掉,胚胎是无法发育的。而在2012年,也有科学家在小鼠实验中敲掉了一部分的miRNA,研究发现,89%的雄性小鼠在11个月左右会得肝癌,但机制不明。

于文强教授看来,目前,还有很多miRNA领域的问题亟待进一步研究,“以往,我们对于miRNA的研究大都是默认在细胞浆中,而如今我们通过定位测序发现,许多miRNAs其实存在于细胞核中,但对它的功能我们仍然不清楚,“我们相信这些定位于细胞核内的miRNA在基因的表达调控过程中一定发挥着某种重要作用,而且这些miRNA 所发挥的功能应该不同于传统的细胞浆miRNA。”

于文强教授还指出,另一方面,一些定位于细胞核内的miRNA是具有组织特异性的,也就是说,特定的miRNA在一些特定的组织中高度富集而在其他组织中低表达甚至不表达。而增强子(enhancer)这种能强化转录的DNA序列片段,也具有组织特异性。

组织特异性增强子的意义是什么?于文强教授举例说,如果敲除小鼠染色体上的增强子序列ZRS,小鼠不会长出四肢,而给敲除ZRS后的小鼠重新补上缺失的序列,小鼠又会长出四肢,决定四肢的增强子ZRS会高度富集在四肢中来维持四肢的正常发育发展。“那么,具有组织特异性的核内miRNA是不是与增强子有关联呢?如果有,核内miRNA又是怎样与增强子相互协调,决定组织细胞的特异性?”于文强教授课题组近期的研究工作就发现,许多miRNA自身在基因组的位置与增强子区域高度重合,如hsa-miR-26a-1、hsa-miR-3179和hsa-miR-24-1等。这些miRNA大多能定位于细胞核内,而其进一步研究发现,这些miRNA能够与增强子结合,并在全基因组的水平上激活基因表达。

于文强教授最后表示,此次针对microRNA领域研究获奖,也意味着现在诺奖不仅仅是停留在基础研究层面,还要能进一步去解决问题,miRNA激活基因的研究无疑是下一个研究热点,将推动miRNA研究进入2.0时代。“目前还没有基于microRNA开发的药物,仅仅是用作肝癌的诊断,后续还有很多机制值得研究,相信这一领域药物的研发成果的出现,也只是时间问题。”


值得注意的是,近两年的诺贝尔生理学或医学奖都颁给了RNA方向的研究,再次说明RNA分子的重要性。这不仅是对RNA领域研究成果的高度认可,也预示着RNA研究正迎来一个前所未有的黄金时代。从RNA的结构解析到功能研究,从基础科学到临床应用,RNA研究正在不断拓展和深化。

2023年,获奖者们对信使RNA(mRNA)疫苗的开发做出了重要贡献,这项技术利用了基因表达的精确调控。
2024年,获奖研究聚焦于miRNA在基因调控中的关键作用。
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miRNA的发现,为人类探索生命现象本质及普遍规律发挥巨大作用,也是基因调控领域获得的第6个诺贝尔奖,而过去三年的诺贝尔生理学或医学奖都都聚焦在与基因相关的研究领域,充分表明了其在医学应用上的巨大潜力和实际影响,尤其是在疾病诊断和治疗方面。科研的力量将“看不见”的知识转化为实际的生产力,而持之以恒的创新坚守则让更多的科研成果惠及人类。正如安布罗斯曾写下的展望,到未来更成熟阶段,生物化学和遗传学研究将揭示miRNA调控机制和生物学非凡的复杂性,带来更令人满意答案,最终帮助人类更科学地认识生命

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 参考文献:

1. Zhang X, Zuo X, Yang B, Li Z, Xue Y, Zhou Y, Huang J, Zhao X, Zhou J, Yan Y, Zhang H, Guo P, Sun H, Guo L, Zhang Y, Fu XD. MicroRNA directly enhances mitochondrial translation during muscle differentiation. Cell. 2014 Jul 31;158(3):607-19.

2. Jeffries CD, Fried HM, Perkins DO. Nuclear and cytoplasmic localization of neural stem cell microRNAs. RNA. 2011 Apr;17(4):675-86.

3. Xiao M, Li J, Li W, Wang Y, Wu F, Xi Y, Zhang L, Ding C, Luo H, Li Y, Peng L, Zhao L, Peng S, Xiao Y, Dong S, Cao J, Yu W. MicroRNAs activate gene transcription epigenetically as an enhancer trigger. RNA Biol. 2017 Oct 3;14(10):1326-1334.

4. Liang Y, Lu Q, Li W, Zhang D, Zhang F, Zou Q, Chen L, Tong Y, Liu M, Wang S, Li W, Ren X, Xu P, Yang Z, Dong S, Zhang B, Huang Y, Li D, Wang H, Yu W. Reactivation of tumour suppressor in breast cancer by enhancer switching through NamiRNA network. Nucleic Acids Res. 2021 Sep 7;49(15):8556-8572.



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